Erste Musikgesellschaften gab es in Näfels schon vor der Vereinsgründung 1884, so hatte schon 1839 eine in Näfels gegründete Musikgesellschaft an der Fahrtsfeier den Gottesdienst verschönert. Diese wurde jedoch Ende Juni 1850 wieder aufgelöst. Kurze Zeit später entstand die Kirchenmusikgesellschaft Näfels. In den Jahren 1868 und 1869 war eine weitere Vereinigung unter dem Namen Orchesterverein Näfels – Mollis in Näfels aktiv. 

1884 wurde dann der heute noch bestehende Verein unter dem Namen Militärmusik Näfels – Mollis gegründet. 1894 löste dann der Name Harmoniemusik Näfels – Mollis den alten Namen ab. Nachdem 1928 in Mollis eine eigene Musikgesellschaft gegründet wurde, dauerte es noch bis 1943, bis die Namensänderung in den heutigen Namen Harmoniemusik Näfels abgeschlossen wurde.

1891 durfte die Näfelser Musik erstmals, und das auf ein Gesuch an den Regierungsrat des Kantons Glarus, den alleinigen Musikdienst an der Näfelser Fahrt bestreiten. 1924 fand zum 40 Jahr Jubiläum der Musik der erste Glarner Kantonalmusiktag in Näfels statt. Zwischen 1900 und 2016 besuchte die Harmoniemusik 8 eidgenössische Musikfeste mit Resultaten, die in der ganzen Schweiz zum Teil grosse Bewunderung auslösten.

2009 fand in Näfels das 10. Glarner Kantonalmusikfest zum 125-jährigen Bestehen des Vereins statt, verbunden mit einer Neuuniformierung. Die Harmoniemusik wurde in all diesen Jahren von 16 Dirigenten geleitet und von 21 Präsidenten geführt.